Як постійне поселення, згідно з першими письмовими джерелами, відоме з 30 років ХVІІ століття. 28 січня 1633 року бояриня Х.Зубрикова продала Балаклею, яка входила до Мліївської волості, польському магнату Станіславу Конецпольському. Проте час заснування Балаклеї вченими остаточно не з’ясований.
Середина ХІХ ст. згідно з повідомленням Л.Похілевича: “Село расположено при соединении трех ручьев Серебрянки (Смотрич), Медянки(Надюнка) и Балаклейки… среди гор, покрытых лесом. Жителей 2788 человек, из них при сахарном заводе числится 650. Прописанные к заводу жители состоят из малороссиян, переведенных сюда из Харьковской губернии и великороссиян из Тульской губернии. Выделываемый на заводе сахарный песок доставляется на рафинадный Смелянский. В 1741 году в Балаклее считалось 100 дворов.”Балаклея – назва татарська. В історії відомий цар заволзьких татар Балаклії, вражений в 1221 г. При Кайданова від Литовсько-Новогрудського князя Скірмунта Мінгайловіча, ополчилися проти татар з литовсько-руськими військами. На місці нинішнього села Балаклай міг зупинятися під час свого походу проти Скірмунта. Відомо також, що в Константинополі Балаклія називають церква і джерело. Балаклея в 1820 році подарована графом А.Н.Самойловим своєї дочки – нинішньої власниці всього Смілянського маєтку. Стосовно походження назви села існують й інші міркування. Балаклея дістала назву від річки Балаклейки, на якою розкинулось село. Походження назви річки дослідники тлумачать від турецького слова «булак»-джерело. Інші перекладають це слово, як «рибна річка» (по-татарському «баликли») Вперше село позначене на карті Боплана (спеціальній) Київського воєводства середини ХVІІ ст.